Projektträger der „Grünen Schute“ ist „Lebendige Alster“, ein Kooperationsprojekt von Aktion Fischotterschutz, BUND Hamburg und NABU Hamburg, mit denen die NKG HNUI bereits mehrfach erfolgreich zusammengearbeitet hat.   

Als Lebensraum für Tiere und Pflanzen und gleichzeitig als ökologisch-pädagogische Lernplattform ist eine modifizierte Spitzschute (Länge: 23,90 m, Breite: 6,00 m, Tiefgang: etwa 1,40 m, Freibord: 0,6 m) im Alsterfleet an der Admiralitätsstraße verankert worden. Sie dient einer ökologischen Aufwertung des Wasserkorridors Elbe-Alster. Zudem fungiert sie als Informationsträger und wird in Zukunft regelmäßig als praxisnaher Lernort für wasserökologische Themen genutzt werden. Sie verweist außerdem auf die historische Nutzung der Fleete als Transportweg.  

Die Alsterfleete sind für Wasserorganismen die einzige Verbindung zwischen Alster und Elbe. Lange Zeit war diese Verbindung durch Schleusen und Wehre verbaut. Wanderungen von Langdistanzwanderfischen (z.B. Meerforelle) wurden damit verhindert. Aber auch fast alle weiteren heimischen Fischarten führen Wanderungen durch, um Laichplätze, Fressplätze, Schutz oder Winterlager aufzusuchen. Um die Durchgängigkeit zwischen Alster und Elbe wiederherzustellen, hat die Stadt Hamburg Fischtreppen an der Mühlenschleuse und der Rathausschleuse errichten lassen, die nun prinzipiell eine Wanderung von Organismen von der Elbe durch Nikolai-, Mönkedamm- und Alsterfleet in die Alster ermöglichen.

Die Bedingungen für Wasserorganismen im Bereich der Fleete sind allerdings extrem: Der Wasserstand der Fleete in der Hamburger Altstadt wird durch Schleusen geregelt. Während der Pegel der Alster oberhalb der Rathausschleuse tagsüber stabil gehalten wird, führt das Absenken des Pegels nachts zu erhöhten Strömungsgeschwindigkeiten. Die steinernen Ufer und der Grund der Fleete bieten dabei nur beschränkte Unterschlupfmöglichkeiten für Wasserorganismen. Vegetation und organische Strukturen fehlen fast vollständig.

Der Unterlauf von Tieflandflüssen wie der Alster ist natürlicherweise stark durch begleitende Sumpf- und Wasservegetation geprägt. In geschützten Bereichen und Altarmen kommen auch reichlich Schwimmblatt- und submerse Vegetation vor. Die Situation im innerstädtischen Bereich Hamburgs stellt sich durch Eingriff des Menschen völlig anders dar: Komplett überbaute und verbaute Ufer und Sohlstrukturen der Fleete verhindern diese natürliche Ausprägung des Gewässers komplett. Durch den in den Fleeten fehlenden Bestand an Wasservegetation fehlen auch für den Gewässerabschnitt typische, darauf spezialisierte Arten völlig.

Zur Beseitigung dieses ökologischen Problems wurde eine „Grüne Schute“ als Initialmaßnahme beantragt. Die über die Wasseroberfläche hinausragende Vegetation an der Schute dient vielen dieser Arten als Anreiz zur Ansiedlung/Eiablage. Auch kleine Flächen einer Schwimmblatt- und Unterwasservegetation ermöglichen bereits vielen typischen Arten eine generelle Ansiedlung, die im Abschnitt komplett fehlen. Eine Grüne Schute mit Unterwasserstrukturen und verschiedenster Wasservegetation kann somit den Lückenschluss als bislang fehlendes Trittsteinhabitat für entlangwandernde Arten darstellen.

Neben der ökologischen Aufwertung der Fleete durch den „Lebensraum Grüne Schute“ soll diese Einrichtung ein Ort der Umweltbildung werden. Aquatische Lebensräume und ihre Bewohner bleiben den meisten Bürgern verborgen. Gerade die Fleete werden nicht als ein Raum erkannt, in dem viele teils seltene Tierarten leben und der zum Beispiel als Wanderkorridor für in ihrem Bestand bedrohte Fischarten von existentieller Bedeutung ist. Auf der Grünen Schute sollen diese Lebensgemeinschaften erlebbar und über die Bedeutung der Fleete für die Ökologie des Alster-Gewässersystems informiert werden. Insbesondere für Schulklassen sollen auf der Schute Programme entwickelt werde, in denen sie von Pädagogen an die Naturschutzarbeit herangeführt werden.

Durch den Standort der Schute im Alsterfleet am nördlichen Ufer nahe der Graskellerbrücke ist gleichzeitig der positive Effekt auf den Wanderkorridor Elbe-Alster, die deutliche Wahrnehmung für Passanten im Stadtraum und auch die gute Erreichbarkeit für Besucher gegeben.